Rankiem 15 września, dowódcy wojsk Unii w środku Harpers Ferry zwołali naradę wojenną. Otoczeni ze wszystkich stron na wskroś podwójnie większe siły wroga plus bez amunicji aż do filia dalekiego zasięgu, oficerowie bez sprzeciwu zgodzili się poddać. Około 9 poranek amfetamina flagi zostały wywieszone na wskroś oddziały Unii na wzgórzach Bolivar Heights. Kilka minut później, zbłąkany pocisk artylerii Konfederatów eksplodował szczerze zbytnio pułkownikiem Dixonem Milesem, zabójczo raniąc głównego dowódcę wojsk Unii. Generał brygadier Julius White, pozostały rangą głowa Unii, dokonał ostatecznych ustaleń dotyczących kapitulacji.
W Harpers Ferry Jackson wziął aż do niewoli niezupełnie 12 500 żołnierzy Unii, najwięcej w ciągu jednej bitwy wewnątrz czasie całej wojny secesyjnej. Konfederaci zdobyli ponadto 13 tysięcy sztuk broni również 47 sztuk artylerii.