Pierwsza nalot Konfederatów na godzina dwunasta zaczęła się 4 września 1862 jak Armia Północnej Wirginii poniżej dowództwem generała Roberta E. Lee wkroczyła aż do Maryland przekraczając rzekę Potomak do wnętrza pobliżu brodu White's Ford. W ciągu następnych kilku dni wojsko założyła osobisty ugrupowanie w środku pobliżu miejscowości Frederick w środku stanie Maryland.
Generał Lee oczekiwał, iż w środku obliczu inwazji liczące naokoło 14 tysięcy żołnierzy oddziały Unii stacjonujące do wnętrza Harpers Ferry również do wnętrza Martinsburgu wycofają się na północ. Lee potrzebował dostępu aż do doliny Shenandoah, którędy prowadziły ich główne linie zaopatrzeniowe również komunikacyjne Konfederatów. Zdobycie Harpers Ferry było konieczne aż do ich otwarcia. Oddziały Północy negacja logiczna planowały pomimo tego wycofywać się spośród zajmowanych pozycji, co doprowadziło generała Lee aż do rozterki.
Uważając, iż siły Unii są "bardzo zdemoralizowane plus wewnątrz warunkach chaosu" po porażce w środku drugiej bitwie przy Manassas oraz, określając ich dowódcę, generała George'a McClellana, zbyt "generała zdolnego, natomiast ostrożnego",[1] Lee zdecydował się wziąć udział swoją armię na czwórka części. Rozkaz wyjątkowy 191 zawierał wszystkie szczegóły operacyjne: trzy rozdzielne kolumny wojska liczące wszystkiego dookoła 23 tysiące żołnierzy miały zacząć wewnątrz kierunku Harpers Ferry, okrążyć gród dodatkowo łapać w pułapkę czyli zgnieść stacjonujący w tym miejscu garnizon Unii. Po skutecznym przeprowadzeniu tej operacji oddziały armii generała Lee miały wymieszać się znowu w środku miejscowości Boonsboro, z okładem 30 km na godzina dwunasta od chwili Harpers Ferry. Do przeprowadzenia ataku na Harpers Ferry Lee wyznaczył generała majora Thomasa "Stonewalla" Jacksona.