Kiedy pułkownik wojsk Unii Dixon S. Miles przybył aż do Harpers Ferry wiosną 1862 roku by uściskać dowództwo, zastał zniszczone wojną zgliszcza. Fabryka broni do wnętrza Harpers Ferry, która poprzednio wojną produkowała dookoła 10 tysięcy sztuk broni rocznie, leżała w środku ruinach spalona na wskroś wojska Konfederatów do wnętrza 1861 roku. Kościoły także młyny wewnątrz mieście zostały przekształcone do wnętrza szpitale. W sklepach plus domach mieszkalnych urządzono koszary także stajnie. W liczącym nim wojną secesyjną 3000 mieszkańców mieście pozostało tylko naokoło 100 osób. Jeden spośród żołnierzy napisał, iż "całe gród negacja logiczna było warte poniekąd 10 dolarów".
Ale gród do tej pory posiadało znaczącą liczba przy względem militarnym. Harpers Ferry służyło jak ważna kontakt dostarczająca zapasów wojskom Unii działającym na terenie doliny Shenandoah. Miasto umożliwiało ponadto kontrolę powyżej kanałem Chesapeake oraz Ohio i koleją Baltimore dodatkowo Ohio, ważnymi szlakami transportowymi, którymi dostarczano zapasów oddziałom Unii. W sumie, we wrześniu 1862 roku pułkownik Miles dowodził dookoła 14 tysiącami żołnierzy stacjonującymi wewnątrz Harpers Ferry oraz Martinsburgu.