Operacja wojskowa zaplanowana do wnętrza rozkazie specjalnym 191 spośród technicznego punktu widzenia była trudna aż do przeprowadzenia. Plan wymagał by trzy rozdzielne kolumny wojska dotarły aż do Harpers Ferry spośród trzech różnych kierunków, maszerując okrężnymi drogami na swoje pozycje, wspinając się na trzy różne grzbiety górskie oddzielone od chwili siebie dwiema rzekami. Oddziały musiały wstawić ciężką artylerię na odpowiednich pozycjach na szczytach wzniesień, wessać w tym miejscu wozy amunicji, komunikując się co jak już pod pomocy flag sygnałowych. Plan zakładał, iż wsio owo zostanie wykonane do wnętrza ciągu trzech dni. Armii generała Lee brakowało żywności, odzieży, butów także wydawało się iż negacja logiczna jest płeć słaba zdolna fizycznie dotrzymać terminów określonych w środku planach ofensywy. Mimo tego, iż projekt wydawał się niewykonalny aż do wykonania, 10 września Lee pożegnał się spośród oddziałami, które wyruszyły do wnętrza kierunku Harpers Ferry.
Generał brygadier John G. Walker dowodził jednym ze skrzydeł trójstronnego ataku oskrzydlającego dowodzonego wskroś Jacksona. Jego jednostka przekroczył Potomak promem Noland's Ferry wewnątrz pobliżu Point of Rocks w środku Maryland, zaś od tego czasu zaczął się wspinać po wschodnich stokach wzgórz Loudoun Heights. Pułkownik Miles negacja logiczna ustanowił żadnych posterunków ludzi czyli artylerii na tych wzgórzach uważając, iż są one wewnątrz zasięgu artylerii Unii położonych na pobliskich wzgórzach Maryland Heights. Walker, bez jakiegokolwiek oporu ze okolica oddziałów Unii ustanowił zespół artylerii na wzgórzach Loudoun Heights również 14 września po kiedyś pierwotny wymienił pożoga spośród oddziałami Unii stacjonującymi w środku Harpers Ferry.
Generał major Lafayette McLaws dowodził drugim skrzydłem ataku wojsk Konfederacji. McLaws niezwykle odpowiednio rozumiał kształt terenu około Harpers Ferry dodatkowo wiedział, iż wzgórza Maryland Heights o wysokości 441 m n.p.m są najwyższym grzbietem górskim wewnątrz okolicy miasta. McLaws napisał: "Nie możemy zarezerwować Harpers Ferry, póki wzgórza Maryland Heights będą zajmowane wskroś wroga. Jeżeli zdobędziemy te wzgórza, gród znajdzie się w środku pozycji negacja logiczna aż do obrony".[2]
McLaws rozkazał swoim dwóm brygadom piechoty śpieszyć na godzina dwunasta na długości grani grzbietu Elk Ridge, północnego przedłużenia wzgórz Maryland Heights. Mimo zdeterminowanego oraz upartego oporu obrońców, 13 września oddziałom Południa udało się wyprzeć ze wzgórz 4600 żołnierzy Północy. Dzień później, kwartet działa dowodzone na wskroś McLawsa otworzyły płomień na Harpers Ferry.
Trzecie narząd lotu Konfederatów dowodzone było sam jeden na wskroś generała majora Thomasa "Stonewalla" Jacksona. Oddziały Jacksona ubiegły spośród Fredericka aż do Boonsboro również w dalszym ciągu na wskroś zachodnią odsetek stanu Maryland, przekraczając Potomak do wnętrza pobliżu miejscowości Williamsport, zdobywając po drodze Martinsburg oraz wreszcie zbliżyły się aż do Harpers Ferry odkąd północnego zachodu, w środku dwójka dni pokonując 82 kilometry. Czternastotysięczny placówka Jacksona zajął plecy School House Ridge, otaczając garnizon Unii do wnętrza Harpers Ferry ze wszystkich stron.